A nosa posición como elemento central da estratexia mariña da Universidade de Vigo, e como principal xerador de coñemento da Universidade no eido mariño, convértenos nun importante elemento de transferencia aos sectores produtivos e á sociedade, permítenos nutrir aos programas académicos mariños da Universidade, establecer relación con Centros e Agrupacións doutras áreas de coñemento, e representar á Universidade en iniciativas autonómicas, estatais ou internacionais no ámbito mariño, como por exemplo o Campus de Excelencia Internacional do Mar (Campusdomar), a rede europea Marine Board ou o Centro Europeo de Recursos Biolóxicos Mariños (EMBRC).

O principal órgano de goberno do CIM é o Comité de Dirección, que se encarga da elaboración da estratexia do Centro apoiado por tres órganos consultivos: o Comité Científico, que conta con representación de todos os grupos de investigación e persoal investigador adscrito,  o Comité Asesor Externo Internacional, formado por profesionais de recoñecido prestixio internacional na xestión de actividades de xeración, transferencia e comunicación do coñecemento científico especialmente no eido mariño. Este comité encárgase ademáis de avaliar a adecuación e a implementación da nosa estratexia. Por último, a Comisión de igualdade e Sustentabilidade ten por obxectivo velar polo compromiso ético en liña cos ODS e promover políticas de igualdade de oportunidades e carreira investigadora no marco do HRS4R.

A implementación da estratexia do Centro, levada a cabo por unha Unidade Técnica con tres sub-unidades (Investigación e Transferencia, Comunicación e Fomento da Cultura Científica, e Infraestruturas de Investigación Mariña), coordínaa o Comité Científico e está baixo a supervisión do Comité de Dirección.