O noso Centro está integrado por 15 grupos de investigación e 3 investigadores individuais que levan a cabo a súa actividade en torno a 5 ámbitos de especialización. A continuación indícanse os ámbitos ao redor dos que se articula a investigación no CIM, xunto cos grupos adscritos a cada unha delas. Dada a multidisciplinariedade necesaria para abordar a investigación mariña, un grupo de investigación pode dedicar a súa actividade a varios dos ámbitos:
- BA2 — Bioloxía Ambiental
- ByCIAMA — Biotecnoloxía e Calidade en Industrias Agroalimentarias e Medio Ambiente
- CM1 — Reproducción de Moluscos Bivalvos
- EZ1-EcoCost — Ecoloxía e Zooloxía
- FA9-EPHYSLAB — Laboratorio de Física Ambiental
- FB2-PHYStoFISH — Fisioloxia de peixes
- FOL — Future Oceans Lab
- FT1-GOFUVI — Oceanografía Física
- GEA — Ecoloxía animal
- OB — Oceanografía Biolóxica
- QA2 — Química Analítica Ambiental e Espectroscopía
- XB2 — Xenética de Poboacións e Citoxenética
- XM1 — Oceanografía Xeolóxica e Bioxeoquímica
- XM2-GEOMA — Xeoloxía Mariña e Ambiental
- XM3-BASAN — Análise de Concas Sedimentarias