O noso Centro está integrado por 15 grupos de investigación e 3 investigadores individuais que levan a cabo a súa actividade en torno a 5 ámbitos de especialización. A continuación indícanse os ámbitos ao redor dos que se articula a investigación no CIM, xunto cos grupos adscritos a cada unha delas. Dada a multidisciplinariedade necesaria para abordar a investigación mariña, un grupo de investigación pode dedicar a súa actividade a varios dos ámbitos:
- Análise de Concas Sedimentarias (XM3 (BASAN))
- Bioloxía Ambiental (BA2)
- Biotecnoloxía e Calidade en Industrias Agroalimentarias e Medio Ambiente (ByCIAMA)
- Ecoloxía animal (GEA)
- Ecoloxía Costeira (EZ1-ECOCOST)
- Fisioloxía de Peixes (FB2)
- Future Oceans Lab (FOL)
- Grupo de Oceanografía Biolóxica (GOB)
- Grupo de Oceanografía Física (GOFUVI)
- Grupo de Química Analítica Ambiental e Toxicoloxía (QA2)
- Laboratorio de Física Ambiental (EPHYSLAB)
- Oceanografía Xeolóxica e Bioxeoquímica (XM1)
- Reproducción de Moluscos Bivalvos (CM1)
- Xenética de Poboacións e Citoxenética (XB2)
- Xeoloxía Mariña e Ambiental (GEOMA-XM2)